рус eng
«ИЗВЕСТИЯ ИРКУТСКОГО ГОСУДАРСТВЕННОГО УНИВЕРСИТЕТА». СЕРИЯ «БИОЛОГИЯ. ЭКОЛОГИЯ»
«IZVESTIYA IRKUTSKOGO GOSUDARSTVENNOGO UNIVERSITETA». SERIYA «BIOLOGIYA. ECOLOGIYA»
«THE BULLETIN OF IRKUTSK STATE UNIVERSITY». SERIES «BIOLOGY. ECOLOGY»
ISSN 2073-3372 (Print)

Список выпусков > Серия «Биология. Экология». 2015. Том 12

Молекулярно-генетическое исследование T4-подобных бактериофагов в планктоне реки Селенги

Автор(ы)
Т. В. Бутина, О. С. Усова, С. А. Потапов, О. И. Белых, А. П. Федотов, С. И. Беликов
Аннотация
Проведено исследование генетического разнообразия Т4-подобных вирусов семейства Myoviridaeв водах Селенги на основе анализа гена g23 основного капсидного белка. В результате в Селенге выявлено высокое разнообразие Т4-подобных бактериофагов, большинство из которых оказались близкородственными фагам из эвтрофированных мест обитания. Филогенетическое родство значительной части выявленных последовательностей с фагом, выделенным от E.coli (Escherichia phage 121Q), позволило сделать предположение о принадлежности этих последовательностей вирусам, поражающим патогенные или условно-патогенные бактерии, что служит косвенным свидетельством наличия патогенной микрофлоры в реке.
Ключевые слова
Т4-подобные вирусы, семейство Myoviridae, генетическое разнообразие, ген g23, Селенга
УДК
578.816(282.256.341)
Литература

1. Генетическое разнообразие T4-подобных бактериофагов в озере Байкал / С. А. Потапов [и др.] // Изв. Иркут. гос. ун-та. Сер. Биология. Экология. – 2013. – Т. 6, № 3(1). – С. 14–19.

2. Качество воды р. Селенга на границе с Монголией в начале XXI в. / Л. М. Сороковикова [и др.] // Метеорология и гидрология. – 2013. – № 2. – С. 93–103.

3. Ковадло А. С. Изучение бактериопланктона реки Селенги и оценка качества вод по микробиологическим показателям / А. С. Ковадло, В. В. Дрюккер // Изв. Ир-кут. гос. ун-та. Сер. Биология. Экология. – 2010. – Т. 3, № 2. – С. 80–87.

4. A conserved genetic module that encodes the major virion components in both the coliphage T4 and the marine cyanophage S-PM2 / E. Hambly [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. – 2001. – Vol. 98. – P. 11411–11416.

5. Bellas C. M. High diversity and potential origins of T4-type bacteriophages on the surface of Arctic glaciers / C. M. Bellas, A. M. Anesio // Extremophiles. – 2013. – Vol. 17. – P. 861–870.

6. BLAST Assembled RefSeq Genomes [Electronic resource]. – URL: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov.

7. Comeau A. M. The capsid of the T4 phage superfamily: the evolution, diversity and structure of some of the most prevalent proteins in the biosphere / A. M. Comeau, H. M. Krisch // Mol. Biol. Evol. – 2008. – Vol. 25. – P. 1321–1332.

8. Desplats C. The diversity and evolution of the T4-type bacteriophages / C. Desplats, H. M. Krisch // Res. Microbiol. – 2003. – Vol. 154. – P. 259–267.

9. Diversity of the major capsid genes (g23) of T4-like bacteriophages in the eutrophic Lake Kotokel in East Siberia, Russia / T. V. Butina [et al.] // Arch. Microbiol. – 2013. – Vol. 195. – P. 513–520.

10. Evaluation of two approaches for assessing the genetic similarity of virioplankton populations as defined by genome size / S. Jamindar [et al.] // Appl. Environ. Microbiol. – 2012. – Vol. 78(24). – P. 8773–8783.

11. Fuhrman J. A. Marine viruses and their biogeochemical and ecological effects / J. A. Fuhrman // Nature. –. 1999. – Vol. 399. – P. 541–548.

12. Genetic diversity of T4 virioplankton, inferred from g23 gene, in Wuhan Donghu Lake / H. Z. Huang [et al.] // China Environ. Sci. – 2011. – Vol. 31. – P. 44–447 (in Chinese with English abstract).

13. GGC T4-like Genome website. [Electronic resource]. – URL: http://phage.ggc.edu.

14. Hall T. A. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/ NT / T. A. Hall // Nucl. Acids Symp. Ser. – 1999. – Vol. 41 – P. 95–98.

15. High diversity of the viral community from an Antarctic Lake / A. López-Bueno [et al.] // Science. – 2009. – Vol. 326. – P. 858–861.

16. Jenkins C. A. Diversity of cyanophages infecting the heterocystous filamentous cyanobacterium Nodularia isolated from the brackish Baltic Sea / C. A. Jenkins, P. K. Hayes // J. Mar. Biol. Ass. UK. – 2006. – Vol. 86. – P. 529–536.

17. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0 / K. Tamura [et al.] // Mol. Biol. Evol. – 2013. – Vol. 30. – P. 2715–2729.

18. Marine T4 type bacteriophages, a ubiquitous component of the dark matter of the biosphere / J. Filée [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. – 2005. – Vol. 102. – P. 12471–12476.

19. NCBI database. [Electronic resource]. – URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov.

20. Phylogenetic diversity and assemblage of major capsid genes (g23) of T4-type bacteriophages in paddy field soils during rice growth season in Northeast China / J. Liu [et al.] // Soil Sci. Plant Nutr. – 2012. – Vol. 58(4). – P. 435–444.

21. Phylogenetic diversity of T4-like bacteriophages in Lake Baikal, East Siberia / T. V. Butina [et al.] // FEMS Microbiol. Lett – 2010. – Vol. 309. – P.122–129.

22. Phylogeny of the major head and tail genes of the wide-ranging T4-type bacteri-ophages / F. Tétart [et al.] // J. Bacteriol. – 2001. – Vol. 183. – P. 358–366.

23. Schwalbach M. S. Viral effects on bacterial community composition in marine plankton microcosms / M. S. Schwalbach, I. Hewson, J. A. Fuhrman // Aquat. Microb. Ecol. – 2004. – Vol. 34 – P. 117–127.

24. The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: metagenomic characteriza-tion of viruses within aquatic microbial samples [Electronic resource] / S. J. Williamson [et al.] // PLoS ONE. – 2008. – Vol. 3. – e1456. – URL: http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0001456.

25. Three Prochlorococcus cyanophage genomes: signature features and ecological interpretations [Electronic resource] / M. B. Sullivan [et al.] // PLoS Biol. – 2005. – Vol. 3(5) – e144. – URL: http://www.plosbiology.org/article/info%3Adoi%2F10. 1371%2Fjournal.pbio.0030144.

26. Characterization of the major capsid genes (g23) of T4-type bacteriophages in the wetlands of northeast / C. Zheng [et al.] // Microb. Ecol. – 2013. – Vol. 65(3). – P. 616–625.

27. Zhong X. Differing assemblage composition and dynamics in T4-like myophag-es of two neighbouring sub-alpine lakes / X. Zhong, S. Jacquet // Freshwater Biology. – 2014. – Vol. 59(8). – P. 1577–1595.


Полная версия (русская)