Борисенко Андрей Юрьевич, кандидат биологических наук, старший преподаватель, Иркутский государственный медицинский университет, Россия, 664003, г. Иркутск, ул. Красного Восстания, 1, e-mail: 89500720225@mail.ru

Арефьева Надежда Александровна, младший научный сотрудник, Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека, младший научный сотрудник, Россия, 664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16, младший научный сотрудник, Иркутский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока Роспотребнадзора РФ, Россия, 664047. ул. Трилиссера, 78, лаборант-исследователь, Иркутский государственный медицинский университет, Россия, 664003, г. Иркутск, ул. Красного Восстания, 1, аспирант, Иркутский государственный университет, Россия, 664003, г. Иркутск, ул. К. Маркса, 1, e-mail: arefieva.n4@gmail.com

Джиоев Юрий Павлович, кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник, Иркутский государственный медицинский университет, Россия, 664003, г. Иркутск, ул. Красного Восстания, 1, e-mail: alanir07@mail.ru

Эрдынеев Сергей Викторович, аспирант, Иркутский государственный медицинский университет, Россия, 664003, г. Иркутск, ул. Красного Восстания, 1, лаборант-исследователь, Иркутский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока Роспотребнадзора РФ, Россия, 664047. ул. Трилиссера, 78, e-mail: orry230@yandex.ru

Букин Юрий Сергеевич, кандидат биологических наук, старший научный сотрудник, Лимнологический институт СО РАН, Россия, 664033, Иркутск, ул. Улан-Баторская, 3, доцент, Иркутский государственный университет, Россия, 664003, г. Иркутск, ул. К. Маркса, 1, e-mail: bukinyura@mail.ru

Тетерина Галина Александровна, старший преподаватель, Иркутский государственный университет, Россия, 664003, г. Иркутск, ул. К. Маркса, 1, e-mail: galina.teterina.91@mail.ru

Приставка Алексей Александрович, кандидат биологических наук, доцент, Иркутский государственный университет, Россия, 664003, г. Иркутск, ул. К. Маркса, 1, e-mail: pristavk@gmail.com

Юринова Галина Валерьевна, кандидат биологических наук, доцент, Иркутский государственный университет, Россия, 664003, г. Иркутск, ул. К. Маркса, 1, e-mail: yurinova@yandex.ru

Антипин Дмитрий Андреевич, аспирант, Иркутский государственный медицинский университет, Россия, 664003, г. Иркутск, ул. Красного Восстания, 1, e-mail: mieshamecka@yandex.ru

Кахиани Кистина Бесиковна, студент, Иркутский государственный медицинский университет, Россия, 664003, г. Иркутск, ул. Красного Восстания, 1, e-mail: kagkkris12@gmail.com

Макарова Ангелина Эдуардовна, студент, Иркутский государственный медицинский университет, Россия, 664003, г. Иркутск, ул. Красного Восстания, 1, e-mail: eamak18@mail.ru

Саловарова Валентина Петровна, доктор биологических наук, профессор, заведующий кафедрой, Иркутский государственный университет, Россия, 664003, г. Иркутск, ул. К. Маркса, 1, e-mail: vsalovarova@gmail.com

Злобин Владимир Игоревич, доктор медицинских наук, профессор, академик РАН, Иркутский государственный медицинский университет, Россия, 664003, г. Иркутск, ул. Красного Восстания, 1; Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. Н. Ф. Гамалеи, Россия, 123098, г. Москва, ул. Гамалеи, 18, e-mail: vizlobin@mail.ru

Биоинформационный поиск структур CRISPR/Cas-системы в геноме плазмиды PCT281 штамма Bacillus thuringiensis SUBSP. CHINENSIS CT-43 / Н. А. Арефьева, Ю. П. Джиоев, А. Ю. Борисенко, В. И. Чемерилова, О. Ф. Вятчина, О. А. Секерина, Л. А. Степаненко, Ю. А. Маркова, Г. В. Юринова, В. П. Саловарова, А. А. Приставка, В. А. Кузьминова, О. Н. Рева, В. И. Злобин // Acta Biomedica Scientifica (East Siberian Biomedical Journal). 2018. Т. 3, № 5. С. 33–38. https://doi.org/10.29413/ABS.2018-3.5.5

Биоинформационный поиск и анализ структур CRISPR/Cas-систем в геноме штамма Staphylococсus aureus и оценка профилей фаговых рас, детектируемых через CRISPR-кассету бактерий / А. Ю. Борисенко, Ю. П. Джиоев, Н. П. Перетолчина, Л. А. Степаненко, В. А. Кузьминова, Л. А. Кокорина, Ю. М. Землянская, Н. А. Арефьева, О. Н. Рева, И. Ванг, Ч. Ку, В. И. Злобин //Acta Biomedica Scientifica (East Siberian Biomedical Journal). 2018. Т. 3, № 5. С. 49–53. https://doi.org/10.29413/ABS.2018-3.5.7

Локусный состав CRISPR-Cas системы Yersinia pseudotuberculosis различных генетических вариантов / Н. П. Перетолчина, В. Т. Климов, Е. А. Воскресенская, Г. И. Кокорина, Е. А. Богумильчик, А. Л. Трухачев, С. В. Игумнова, Ю. П. Джиоев, В. И. Злобин // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2020. Т. 19, № 2. С. 31–39. https://doi.org/10.31631/2073-3046-2020-19-2-31-39

Оценка устойчивости штаммов Staphylococcus aureus с выявленными структурами CRISPR/Cas-систем к различным фаговым расам / Ю. П. Джиоев, А. Ю. Борисенко, Л. А. Степаненко, Ю. М. Землянская, Н. П. Перетолчина, В. А. Кузьминова, Н. А. Арефьева, Я. А. Портная, О. Г. Карноухова, Г. Ю. Коган, В. И. Злобин // Актуальные проблемы науки Прибайкалья. Иркутск : Изд-во Иркут. гос. ун-та, 2020. С. 85–90.

Поиск и анализ CRISPR-cas системы в штамме Escherichia coli HS и детектируемых спейсерами его CRISPR-кассеты фаговых рас методами биоинформатики / Е. И. Иванова, Ю. П. Джиоев, А. Ю. Борисенко, Н. П. Перетолчина, Л. А. Степаненко, А. И. Парамонов, Е. В. Григорова, У. М. Немченко, Т. В. Туник, Е. А. Кунгурцева // Вестник Российского государственного медицинского университета. 2018. № 2. С. 28–34. https://doi.org/10.24075/vrgmu.2018.019

Разработка подходов скрининга высокоспецифичных бактериофагов на основе биоинформационного анализа структур CRISPR-Cas систем Corynebacterium diphtheria / Л. А. Степаненко, Ю. П. Джиоев, В. И. Злобин, А. Ю. Борисенко, В. П. Саловарова, Н. А. Арефьева, И. Ж. Семинский, И. В. Малов // Известия вузов. Прикладная химия и биотехнология. 2021. Т. 11, № 2 (37). С. 216–227. https://doi.org/10.21285/2227-2925-2021-11-2-216-227

Сравнительный анализ CRISPR-систем штаммов Yersinia pseudotuberculosis IP32953 и IP31758 / Н. П. Перетолчина, А. Ю. Борисенко, Ю. П. Джиоев, В. И. Злобин // Acta Biomedica Scientifica (East Siberian Biomedical Journal). 2018. Т. 3, № 5. С. 54–59. https://doi.org/10.29413/ABS.2018-3.5.8

Структуры CRISPR/Cas-системы в геноме штамма Staphylococcus aureus ST228 и фаговых рас, детектируемых методами биоинформатики / А. Ю. Борисенко, Ю. П. Джиоев, Л. А. Степаненко, Ю. М. Землянская, Н. П. Перетолчина, Н. А. Арефьева, Ю. С. Букин, Е. Б. Ракова, Л. А. Кокорина, Я. А. Портная, О. Ф. Вятчина, А. С. Мартынова, Л. А. Францева, В. В. Васильев, Г. А. Тетерина, В. П. Саловарова, Е. В. Симонова, В. И. Злобин // Известия Иркутского государственного университета. Серия Биология. Экология. 2020. Т. 31. С. 3–18. https://doi.org/10.26516/2073-3372.2020.31.3

A genomic overview of the population structure of Salmonella / N. F. Alikhan, Z. Zhou, M. J. Sergeant, M. Achtman // PLoS Genet. 2018. Vol. 14, N 4. e1007261. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1007261

A historical, economic, and technical-scientific approach to the current crisis in the development of antibacterial drugs: Promising role of antibacterial peptides in this scenario / Y. A. S. Guevara, M. H. C. Santos, F. I. R. Gomes, Sheheryar, F. P. Mesquita, P. F. N. Souza // Microb. Pathog. 2023. Vol. 179. 106108. https://doi.org/10.1016/j.micpath.2023.106108

Antimicrobial resistance and management of invasive Salmonella disease / S. Kariuki, M. A. Gordon, N. Feasey, C. M. Parry // Vaccine. 2015. Vol. 33, Suppl. 3. P. C21–C29. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2015.03.102

Characterization and evolution of Salmonella CRISPR-Cas systems / N. Shariat, R. E. Timme, J. B. Pettengill, R. Barrangou, E. G. Dudley // Microbiology (Reading). 2015. N161(2). P. 374–386. https://doi.org/10.1099/mic.0.000005.43

Cooper L. A., Stringer A. M., Wade J. T. Determining the Specificity of Cascade Binding, Interference, and Primed Adaptation In Vivo in the Escherichia coli Type I-E CRISPR-Cas System // mBio. 2018. Vol. 9, N 2. P. e02100-17. https://doi.org/10.1128/mBio.02100-17

CRISPR-Cas Diversity in Clinical Salmonella enterica Serovar Typhi Isolates from South Asian Countries / A. M. Anmoy, C. Saha, M. S. I. Sajib, S. Saha, F. Komurian-Pradel, A. van Belkum, R. Louwen, S. K. Saha, H. P Endtz // Genes (Basel). 2020. Vol. 11(11). P. 1365. https://doi.org/10.3390/genes11111365

CRISPRTarget: bioinformatic prediction and analysis of crRNA targets / A. Biswas, J. N. Gagnon, S. J. Brouns, P. C. Fineran, C. M. Brown // RNA Biol. 2013. Vol. 10, Is. 5. P. 817-827. https://doi.org/10.4161/rna.24046

Detection of Salmonella spp. using a generic and differential FRET-PCR/ J. Zhang, L. Wei, P. Kelly, M. Freeman, K. Jaegerson, J. Gong, B. Xu, Zh. Pan, Ch. Xu, Ch. Wang // PLoS One. 2013. Vol. 8(10). e76053. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0076053

Ecology and evolution of phages encoding anti-CRISPR proteins / B. J. Pons, S. van Houte, E. R. Westra, A. Chevallerea // J. Mol. Biol. 2023. Vol. 435, Is. 7. 167974. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2023.167974

Engineered Bacteriophages Containing Anti-CRISPR Suppress Infection of AntibioticResistant P. aeruginosa / S. Qin, Y. Liu, Y. Chen, J. Hu, W. Xiao, X. Tang // Microbiol. Spectr. 2022. Vol. 10, N 5. e0160222. https://doi.org/10.1128/spectrum.01602-22

Expansion of Bacteriophages Is Linked to Aggravated Intestinal Inflammation and Colitis / L. Gogokhia, K. Buhrke, R. Bell, B. Hoffman, D. G. Brown, C. Hanke-Gogokhia, N. J. Ajami, M. C. Wong, A. Ghazaryan, J. F. Valentine // Cell Host Microbe. 2019. Vol. 25, Is. 2. P. 285–299. https://doi.org/10.1016/j.chom.2019.01.008

Gal-Mor O. Persistent Infection and Long-Term Carriage of Typhoidal and Nontyphoidal Salmonellae. Clin. Microbiol. Rev. 2018. Vol. 32, N 1. e00088-18. https://doi.org/10.1128/CMR.00088-18

Genome-scale metabolic reconstructions of multiple Salmonella strains reveal serovar-specific metabolic traits / Y. Seif, E. Kavvas, J-Ch. Lachance, J. T. Yurkovich, S-P. Nuccio, X. Fang // Nat. Commun. 2018. Vol. 9(1). 3771. https://doi.org/10.1038/s41467-018-06112-5

GrapeTree: Visualization of core genomic relationships among 100,000 bacterial pathogens / Z. Zhou, N. F. Alikhan, M. J. Sergeant, N. Luhmann, C. Vaz, A. P. Francisco, J. A. Carriço, M. Achtman. BioRxiv. 2017. https://doi.org/10.1101/216788

Gutiérrez B., Domingo-Calap P. Phage Therapy in Gastrointestinal Diseases. // Microorganisms. 2020. Vol. 8, Is. 9. https://doi.org/10.3390/microorganisms8091420 Hashemi A. CRISPR-cas System as a Genome Engineering Platform: Applications in Biomedicine and Biotechnology // Curr. Gene Ther. 2018. Vol. 18, Is. 2. P. 115–124. https://doi.org/10.2174/1566523218666180221110627

Inactivation of CRISPR-Cas systems by anti-CRISPR proteins in diverse bacterial species / A. Pawluk, R. H. Staals, C. Taylor, B. N. Watson, S. Saha, P. C. Fineran // Nat. Microbiol. 2016. Vol. 1. 16085. https://doi.org/10.1038/nmicrobiol.2016.85

Infectious Diseases Society of America Clinical Practice Guidelines for the Diagnosis and Management of Infectious Diarrhea / A. L. Shane, R. K. Mody, J. A. Crump, Ph. I. Tarr, Th. S. Steiner, K. Kotloff // Clin. Infect. Dis. 2017. Vol. 65, N 12. P. e45-e80. https://doi.org/10.1093/cid/cix669

Knodler L. A., Elfenbein J. R. Salmonella enterica. Trends Microbiol. 2020. Vol. 28, Is. 1.P.83. https://doi.org/10.1016/j.tim.2019.10.014

Molecular phylogeny of the Salmonellae: relationships among Salmonella species and subspecies determined from four housekeeping genes and evidence of lateral gene transfer events / J. R. McQuiston, S. Herrera-Leon, B. C.Wertheim, J. Doyle, P. I. Fields, R. V. Tauxe, J. M. Logsdon Jr. // J. Bacteriol. 2008. Vol. 190, N 21. P. 7060–7067. https://doi.org/10.1128/JB.01552-07

Oral Application of T4 Phage Induces Weak Antibody Production in the Gut and in the Blood / J. Majewska, W. Beta, D. Lecion, K. Hodyra-Stefaniak, A. Klopot, Z. Kazmierczak // Viruses. 2015. Vol. 7, Is. 8. P. 4783–4799. https://doi.org/10.3390/v7082845

Phages, anti-CRISPR proteins, and drug-resistant bacteria: what do we know about this triad? / A. Ceballos-Garzon, A. B. Muñoz, J. D. Plata, Z. A. Sanchez-Quitian, J. Ramos-Vivas // Pathog. Dis. 2022. Vol. 80, Is. 1. ftac039. https://doi.org/10.1093/femspd/ftac039

Porwollik S., McClelland M. Lateral gene transfer in Salmonella. Microbes Infect. 2003. Vol. 5, Is. 1. P. 977–989. doi: https://doi.org/10.1016/S1286-4579(03)00186-2

Rapid detection of Salmonella contamination in seafoods using multiplex PCR / B. Sahu, S. D. Singh, B. K. Behera, S. K. Panda, A. Das, P. K. J. Parida // Braz. Microbiol. 2019. Vol. 50. P. 807–816. https://doi.org/10.1007/s42770-019-00072-8

Sabino J., Hirten R. P., Colombel J. F. Bacteriophages in gastroenterology-from biology to clinical applications. Aliment. Pharmacol. Ther. 2020. Vol. 51, Is. 1. P. 53–63. https://doi.org/10.1111/apt.15557

Supplement 2008–2010 (no. 48) to the White-Kauffmann-Le Minor scheme / S. IssenhuthJeanjean, P. Roggentin, M. Mikoleit, M. Guibourdenche, E. de Pinna, S. Nair, P. I. Fields, F. X. Weill // Res. Microbiol. 2014. Vol. 165, Is. 7. P. 526–530. https://doi.org/10.1016/j.resmic.2014.07.004

The CRISPR-Cas System Differentially Regulates Surface-Attached and Pellicle Biofilm in Salmonella enterica Serovar Typhimurium / N. Sharma, A. Das, P. Raja, S. A. Marathe // Microbiol. Spectr. 2022. Vol. 10, N 3. e0020222. https://doi.org/10.1128/spectrum.00202-22

Worldwide Epidemiology of Salmonella Serovars in Animal-Based Foods: a Meta-analysis / R. G. Ferrari, D. K. A. Rosario, A. Cunha-Neto, S. B. Mano, E. E. S. Figueiredo, C. A. ConteJunior // Appl. Environ. Microbiol. 2019. Vol. 85, N 14. https://doi.org/10.1128/AEM.00591-19