рус eng
«ИЗВЕСТИЯ ИРКУТСКОГО ГОСУДАРСТВЕННОГО УНИВЕРСИТЕТА». СЕРИЯ «БИОЛОГИЯ. ЭКОЛОГИЯ»
«IZVESTIYA IRKUTSKOGO GOSUDARSTVENNOGO UNIVERSITETA». SERIYA «BIOLOGIYA. ECOLOGIYA»
«THE BULLETIN OF IRKUTSK STATE UNIVERSITY». SERIES «BIOLOGY. ECOLOGY»
ISSN 2073-3372 (Print)

Список выпусков > Серия «Биология. Экология». 2016. Том 16

Генетическое разнообразие бактериальных сообществ, ассоциированных с больными губками озера Байкал

Автор(ы)
А. Ю. Краснопеев, Н. А. Букшук, С. А. Потапов, Н. Дамдинсурэн, И. В. Ханаев, В. В. Дрюккер, О. И. Белых
Аннотация
С помощью высокопроизводительного секвенирования выявлены таксономический состав и структура микробных сообществ байкальских эндемичных губок, отобранных во время массовой гибели этих животных. В бактериальном сообществе L. baicalensis определены 23 филы, в сообществе B. intermedia – 19 фил, мажорными были филы Cyanobacteria, Proteobacteria, Actinobacteria, Verrucomicrobia. В исследуемых сообществах преобладали филотипы хлоропластных геномов водорослей, нитчатых цианобактерий, образующих биоплёнки на поверхности губок, пурпурных, хемоорганогетеротрофных, метанотрофных, сульфат- и нитратредуцирующих бактерий. Состав и структура мажорных и минорных фил, доминирующих филотипов в микробиомах больных губок значительно отличались от таковых у здоровых животных.
Ключевые слова
губки, Lubomirskia baicalensis, Baikalospongia intermedia, бактерии, цианобактерии, высокопроизводительное секвенирование
УДК
579.262593.437(282.256.341)
Литература

1. Анализ бактериального сообщества двух эндемичных видов губок из озера Байкал / А. С. Гладких [и др.] // Микробиология. – 2014. – Т. 83, № 6. – С. 682–693.

2. Букшук Н. А. Экологические особенности эндемичных губок озера Байкал: распределение и жизненные циклы : автореф. дис. ... канд. биол. наук / Н. А. Букшук. – Иркутск, 2014 – 21 с.

3. Ефремова С. М. Губки. Аннотированный список фауны озера Байкал и его водосборного бассейна / С. М. Ефремова отв. ред. О. А. Тимошкин. – Новосибирск : Наука, 2001. – Т. 1. – С. 177–190.

4. Калюжная О. В. Филогенетическое разнообразие микроорганизмов, ассоциированных с глубоководной губкой Baikalospongia intermedia / О. В. Калюжная, В. Б. Ицкович // Генетика. – 2014. – T. 50, № 7 – C. 765–776.

5. Кожов М. М. О бентосе Южного Байкала / М. М. Кожов // Бентос и планктон Южного Байкала / Изв. БГНИИ при ИГУ. – Т. 23, вып. 1. – 1970. – С. 3–12.

6. Микробное сообщество пресноводных губок озера Байкал / В. В. Парфенова [и др.] // Изв. РАН. Сер. Биол. – 2008. – Т. 4. – С. 435–445.

7. Оценка фильтрационной способности байкальских губок по поглощению микроорганизмов и одноклеточных водорослей / Т. Ф. Казаринова [и др.] // Оценка состояния водных и наземных экологических систем: Экологические проблемы Прибайкалья. – Новосибирск : Наука, 1994. – C. 30–32.

8. Bacterial community associated with black band disease in corals / Frias–Lopez [et al.] // Applied and Environmental Microbiology. – 2004. – Vol. 70. – P. 5955–5962.

9. Comparison of bacterial diversity and species composition in three endemic Baikalian sponges / Eun-Young Seo [et al.] // Ann. Limnol. Int. J. Lim. – 2016. – Vol. 52. – P. 27–32.

10. First detection of benthic cyanobacteria in Lake Baikal producing paralytic shellfish toxins / O. I. Belykh [et al.] // Toxicon. – 2016. – Vol. 121. – P. 36–40.

11. First record of Nannochloropsis limnetica (Eustigmatophyceae) in the autotrophic picoplankton from lake Baikal / A. Fietz [et al.] // J. Phycol. – 2005 – Vol. 41. – P. 780–790.

12. Iamia majanohamensis gen. nov., sp. nov., an actinobacterium isolated from sea cucumber Holothuria edulis, and proposal of Iamiaceae fam. nov. / M. Kurahashi [et al.] // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. – 2009. – Vol. 4. – P. 869–73.

13. Luteolibacter luojiensis sp. nov., isolated from Arctic tundra soil, and emended description of the genus Luteolibacter. / F. Jiang [et al.] // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. – 2012. – Vol. 62, N. 9. – P. 2259–2263.

14. Magnin J.-P. Zinc biosorption by the purple non–sulfur bacterium Rhodobacter capsulatus / J.-P. Magnin, N. Gondrexon, J. C. Willisone // Canadian J. of Microbiology. – 2014. – Vol. 60, N 12. – P. 829–837.

15. Molecular evidence for a uniform microbial community in sponges from different oceans. / U. Hentschel [et al.] // Appl. Environ. Microbiol. – 2002. – Vol. 68. – P. 4431–4440.

16. Nitrogen fixation by phyllosphere bacteria associated with higher plants and their colonizing epiphytes of a tropical lowland rainforest of Costa Rica / M. Fürnkranz [et al.] // The ISME Journal. – 2008. – Vol. 2 – P. 561–570.17. Phylogeny of bacterial and cyanobacterial symbionts in marine sponges / C. R. Wilkinson // Endocytobiology. – 1983. – Vol. 2. – P. 993–1002.

18. Polyphasic Characterization of the Genus Leptothrix: New Descriptions of Leptothrix mobilis sp. nov. and Leptothrix discophora sp. nov. nom. rev. and Emended Description of Leptothrix cholodnii emend / S. Spring. [et al.] // System. Appl. Microbiol. – 1996. – Vol. 19. – P. 634–643.

19. Quan Z.-X. Azonexus caeni sp. nov., a denitrifying bacterium isolated from sludge of a wastewater treatment plant / Z.-X. Quan, W.-T. Im, S.-T. Lee // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. – 2006. – Vol. 56. – P. 1043–1046.

20. Rapid ecological change in the coastal zone of Lake Baikal (East Siberia): Is the site of the world's greatest freshwater biodiversity in danger? / O. A. Timoshkin [et al.] // J. Great Lakes Res. – 2016. – Vol. 42, Issue 3. – P. 487–497.

21. Reiswig H. Water transport, respiration and energetics of three tropical marine sponges / H. Reiswig // J. Exp. Mar. Biol. Ecol. – 1974. – Vol. 14. – P. 231–249.

22. Schloss P. D. A High–Throughput DNA Sequence Aligner for Microbial Ecology Studies / P. D. Schloss // PLoS ONE. – 2009. – Vol. 4. – e8230.

23. Structuring of bacterioplankton communities by specific dissolved organic carbon compounds / L. Gómez-Consarnau [et al.] // Environ Microbiol. – 2012. – Vol. 14(9). – P. 2361–78.

24. Sweet M. A novel sponge disease caused by a consortium of microorganisms / M. Sweet , Ma. Bulling, C. Cerrano // Coral Reefs. – 2015. – Vol. 34, N 3. – P. 871–883.

25. Tabrizicola aquatica gen. nov. sp. nov., a novel alphaproteobacterium isolated from Qurugol Lake nearby Tabriz city / V. Tarhriz [et al.] // Antonie van Leeuwenhoek. – 2013 – Vol. 104. – P. 1205–1215.

26. Terrimicrobium sacchariphilum gen. nov., sp. nov., an anaerobic bacterium of the class 'Spartobacteria' in the phylum Verrucomicrobia, isolated from a rice paddy field / Y. L. Qiu [et al.] // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. – 2014. – Vol. 5. – P. 1718–1723.


Полная версия (русская)