Мультилокусное гибридизационное зондирование в биочиповом исполнении в последнее десятилетие стало использоваться для генодиагностики возбудителей многих вирусных инфекций. В данной работе предлагается мера генетических дистанций, рассчитываемая на основе результатов мультилокусного генетического зондирования. С помощью методов компьютерного моделирования показаны границы применимости гибридизационных тестов при оценке генетических расстояний. Установлено, что на некотором временном участке независимого существования двух штаммов вирусов генетически дистанция, оценённая с помощью гибридизационго теста, возрастает по линейному закону. Показано, что для получения адекватного результата в гибридизационном тесте необходимо использовать не менее 25 зондов. Обсуждается возможность применения разработанной меры генетических расстояний в популяционных, эволюционных и эпидемических исследованиях разных вирусов.

1. Букин Ю. С. Использование результатов мультилокусных гибридизационных тестов для оценки потоков генов между популяциями вируса клещевого энцефалита / Ю. С. Букин, Ю. П. Джиоев // Журн. инфекц. патологии. – 2010. – Т. 17, № 3. – С.11–15.

2. Генетическая вариабельность и генотипирование вируса клещевого энцефалита с помощью дезоксиолигонкулеотидных зондов / Т. В. Демина [и др.] // Вопр. вирусологии. –2009. – № 3. – С. 33–42.

3. Генотипирование вируса клещевого энцефалита в природных и антропургических очагах Евразии по результатам мультилокусной гибридизации / Т. В. Демина [и др.] // Инфекции, передаваемые клещами в сибирском регионе / ред. В. В. Власов [и др.]. – Новосибирск : Изд. СО РАН, 2011.– Гл. 4. – С. 139–153.

4. Итоги скрининга геномов вируса клещевого энцефалита с помощью дифференцирующего набора олигозондов / Т. В. Демина [и др.] // Журн. инфекц. патологии. – 2010. – Т. 17, № 3. – С. 167–168.

5. Кимура М. Молекулярная эволюция: теория нейтральности / М. Кимура. – М. : Мир, 1985. – 399 с.

6. Молекулярные зонды для генетического типирования вируса клещевого энцефалита / В. И. Злобин [и др.] // Вопр. вирусологии. – 2001. – № 1. – С. 16–21.

7. Рокицкий П. Ф. Биологическая статистика / П. Ф. Рокицкий. – Минск. : Высш. шк., 1973. – 320 с.

8. Свирежев Ю. М. Основы математической генетики / Ю. М. Свирежев, В. П. Песков. – М. : Наука, 1982. – 512 с.

9. Семовский С. В. Модели симпатрического видообразования в изменяющихся условиях среды / С. В. Семовский, Ю. С. Букин, Д. Ю. Щербаков // Сиб. экол. журн. – 2004. – Т. 5. – С. 621–627.

10. Специфическая реактивность кДНК – и дезоксиолигонуклеотидных зондов, комплементарных геному вируса клещевого энцефалита, с РНК штаммов различного географического происхождения / В. И. Злобин [и др.] // Вопр. вирусологии. – 1992. – № 5–6. – С. 248–252.

11. A review on SNP and other types of molecular markers and their use in animal genetics / A. Vignal [et al.] // Genet. sel. evol. – 2002. – Vol. 34. – P. 275–305.

12. Bukin Yu. S. Analysis of the results of multilocus hybridization tests to estimate the population structure of tick-borne virus / Yu. S. Bukin, Yu. P. Dzhioev // X International Jena Symposium on tick-borne Diseases (USTD-X 2009). Poster presentacion-P-56 (19–21 March 2009). – 2009. – P. 134.

13. Differentiation of strains of tick-borne encephalitic virus by means of RNA-DNA hybridization / V. A. Shamanin [et al.] // J. Gen. virol. – 1990. – Vol. 71. – P. 1505–1515.

14. Genetic Flows in a Structured One-Dimensional Population: Simulation and Real Data on Baikalian Polychaetes M. Godlewskii / Ju. S. Bukin [et al.] // In Silico Biology. – 2007. – Vol. 7, N 3. – Р. 277–284.

15. Genetic variability research and genotyping of tick-borne encephalitis virus by means of desoxyoligonucleotide probes / T. V. Demina [et al.] // J. of Medical Virology. – 2010. – Vol. 82, N 6. – Р. 965–976.

16. Kimura M. Random genetic drift in multiallelic locus / M. Kimura // Evolution. – 1955. – Vol. 9, N 4. – Р. 145–159.

17. Kimura M. The average number of generation until fixation of a mutant gene in finite population / M. Kimura, T. Ohta // Genetics. – 1969. – Vol. 61. – Р. 763–771.

18. Page D. M. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach / D. M. Page, E. C. Holmes. – Blackwell : Science Ltd, 1998. – 346 p.

19. Speciation and neutral molecular evolution in one-dimensional closed population / S. V. Semovski [et al.] // International J. of Modern Physics. – 2003. – Vol. 14, N 7. – P. 973–983.

20. SSCP Is Not So Difficult: The Application and Utility of Single-Stranded Conformation Polymorphism in Evolutionary Biology and Molecular Ecology / P. Sunnucks [et al.] // Molecular Ecology. – 2000. – Vol. 9. – P. 1699–710.

21. Wen-Hsiung Li Molecular Evolution / Li Wen-Hsiung. – Sinauer Associates, Inc., 1997. – 487 p.